外商投资财产鉴定
各地检验检疫机构凭财产关系人或代理人及经济利益有关各方的申请或司法、仲裁、验资等机构的指定或委托，办理外商投资财产鉴定包括价值鉴定，损失鉴定，品种、质量、数量鉴定等。
货物装载和残损鉴定
用船舶或集装箱装运粮油食品、冷冻品等易腐食品出口的，应向口岸检验检疫机构申请检验船舶和集装箱，经检验符合装运技术条件并发给证书后，方准装运。
对外贸易关系人及仲裁、司法等机构，对海运进口商品可向检验检疫机构申请办理检视、载损鉴定、监视卸载、海损鉴定、验残等残损鉴定工作。
实验室认可
经国家出入境检验检疫局授权的中国国家进出口商品检验实验室认可委员会（CCIBLAC）统一负责实验室的认可工作。提出申请的实验室经评审组评审证明符合认可委员会规定的认可条件，即可在进出口商品检验领域内获得认可委员会的认可。经认可或注册的实验室有资格承担国家出入境检验检疫局指定的检验检疫工作并出具检验报告。
一般原产地证与普惠制产地证签证管理
出入境检验检疫机构是签发一般原产地证的官方机构，同时也是我国政府授权签发普惠制产地证的唯一机构。我国出口受惠商品出口到下述28个给惠国时，可以享受减免进口关税的优惠待遇：法国、英国、爱尔兰、德国、丹麦、意大利、比利时、荷兰、卢森堡、希腊、西班牙、葡萄牙、奥地利、瑞典、芬兰、瑞士、挪威、日本、加拿大、澳大利亚、新西兰、俄罗斯、白俄罗斯、乌克兰、哈萨克斯坦、捷克、斯洛伐克、波兰。出口单位可向各地出入境检验检疫机构申请办理普惠制产地证和一般原产地证。
质量体系认证认可
国家出入境检验检疫局负责管理和组织实施全国与进出口有关的质量认证认可工作。国家出入境检验检疫局授权成立的中国国家进出口企业认证机构认可委员会（CNAB），负责从事中国进出口领域认证机构认可工作和相应的认证评审员注册工作。提出申请的认证机构经评审证明符合认可委员会规定的认可条件，即可在进出口质量体系认证领域获得认可委员会的认可。
与外国和国际组织开展合作
检验检疫部门承担WTO/TBT协议和SPS协议咨询点业务；承担UN、APEC、ASEM等国际组织在标准与一致化和检验检疫领域的联络点工作；负责对外签订政府部门间的检验检疫合作协议、认证认可合作协议、检验检疫协议执行议定书等，并组织实施。
涉外检验检疫、鉴定、认证机构审核认可和监督
对于拟设立的中外合资、合作进出口商品检验、鉴定、认证公司，由国家出入境检验检疫局负责对其资格信誉、技术力量、装备设施及业务范围进行审查。合格后出具《外商投资检验公司资格审定意见书》，然后交由外经贸部批准。在工商行政管理部门办理登记手续领取营业执照后，再到国家出入境检验检疫局办理《外商投资检验公司资格证书》，方可开展经营活动。
对于从事进出口商品检验、鉴定、认证业务的中外合资、合作机构、公司及中资企业，对其经营活动实行统一监督管理。对于境内外检验鉴定认证公司设在各地的办事处，实行备案管理。